1，大部分操作都不需要在一个很高的权限上的去做（root)，如ls, mkdir等，需要root权限的时候sudo一下也不麻烦，如sudo service restart nginx
2，root权限对新手危险了一点，如果ubuntu上没有apparmor，不小心 rm -f / 那就。。。

可以使用scp命令来本机拷贝证书到服务器，例如：
scp phpjit.net.crt ubuntu@phpjit.net:/etc/nginx/ssl

sudo su是不推荐的，直接在ubuntu用户下使用sudo apt-get update即可